補充養(yǎng)老、醫(yī)療保險的性質(zhì)有著特別之處，其在財稅處理方面也有特殊性。

補充養(yǎng)老保險、醫(yī)療保險是在基本養(yǎng)老保險、醫(yī)療保險基礎上，政府以政策指導和政策優(yōu)惠為導向，用工單位和員工共同出資，以資金積累和運作增值為主要特征，以提高出資單位員工的養(yǎng)老待遇為主要特點的社會保險的重要組成部分。基于補充養(yǎng)老保險的以上特點，因此其是否繳納、繳納比例都比較靈活，可由單位根據(jù)自身效益決定，根據(jù)不同的比例要求報有關部門備案或者批準即可。

制度銜接

《中華人民共和國企業(yè)所得稅法實施條例》中規(guī)定，企業(yè)為投資者或者職工支付的補充養(yǎng)老保險費、補充醫(yī)療保險費，在國務院財政、稅務主管部門規(guī)定的范圍和標準內(nèi)，準予扣除。進而《關于補充養(yǎng)老保險費補充醫(yī)療保險費有關企業(yè)所得稅政策問題的通知》(財稅[2009]27號)規(guī)定，自2008年1月1日起，企業(yè)根據(jù)國家有關政策規(guī)定，為在本企業(yè)任職或者受雇的全體員工支付的補充養(yǎng)老保險費、補充醫(yī)療保險費，分別在不超過職工工資總額5%標準內(nèi)的部分，在計算應納稅所得額時準予扣除;超過的部分，不予扣除。

新政策與原規(guī)定《國家稅務總局關于執(zhí)行〈企業(yè)會計制度〉需要明確的有關所得稅問題的通知》(國稅發(fā)[2003]45號)的不同主要有兩點：一是支付的對象不同，老政策規(guī)定支付補充養(yǎng)老保險費和補充醫(yī)療保險費的對象是全體雇員，新政策規(guī)定的對象為投資者或者職工;二是規(guī)定支付標準的權限主體不同，老政策規(guī)定按國務院或省級人民政府規(guī)定的比例或標準，新政策規(guī)定為按國務院財政、稅務主管部門規(guī)定的范圍和標準，將省級人民政府規(guī)定的權限廢除，避免全國各地執(zhí)行標準不一致，改按由國務院財政、稅務主管部門統(tǒng)一規(guī)定的范圍和標準執(zhí)行。

財稅[2009]27號的發(fā)布日期和執(zhí)行起始日不同，要求從2008年1月1日起執(zhí)行，而該文件的發(fā)文日期是6月2日，已過匯算清繳期，納稅人無法在匯算清繳時執(zhí)行，只能在匯算清繳期過后再按規(guī)定重新計算2008年度稅款。根據(jù)《中華人民共和國稅收征收管理法》第五十二條規(guī)定，因稅務機關的責任，致使納稅人、扣繳義務人未繳或者少繳稅款的，稅務機關在三年內(nèi)可以要求納稅人、扣繳義務人補繳稅款，但是不得加收滯納金，因此，應該可以理解為不要加收滯納金。如果納稅人因財稅[2009]27號文件規(guī)定而涉及多繳稅款的，納稅人可以按規(guī)定向稅務機關要求退還多繳的稅款并加算銀行同期存款利息;如果納稅人因財稅[2009]27號文件規(guī)定而涉及補稅的，稅務機關可以要求納稅人補繳稅款，但不得加收滯納金。

計稅基數(shù)

補充養(yǎng)老保險、醫(yī)療保險以職工工資總額為基數(shù)。工資、薪金總額，是指企業(yè)按照《國家稅務總局關于企業(yè)工資、薪金及職工福利費扣除問題的通知》(國稅函[2009]3號)第一條規(guī)定實際發(fā)放的工資、薪金總和，不包括企業(yè)的職工福利費、職工教育經(jīng)費、工會經(jīng)費以及養(yǎng)老保險費、醫(yī)療保險費、失業(yè)保險費、工傷保險費、生育保險費等社會保險費和住房公積金。屬于國有性質(zhì)的企業(yè)，其工資、薪金，不得超過政府有關部門給予的限定數(shù)額;超過部分，不得計入企業(yè)工資、薪金總額，也不得在計算企業(yè)應納稅所得額時扣除。

第一條規(guī)定，所謂合理工資、薪金，是指企業(yè)按照股東大會、董事會、薪酬委員會或相關管理機構制訂的工資、薪金制度規(guī)定，實際發(fā)放給員工的工資、薪金。因此，財稅[2009]27號文件中的工資總額，應該等同于國稅函[2009]3號文件中的工資、薪金總額，其計算口徑應該和計算職工福利費支出、職工教育經(jīng)費支出、工會經(jīng)費支出所用的工資、薪金總額一樣，都是按企業(yè)實際發(fā)放的工資、薪金總額。《國家稅務總局關于〈中華人民共和國企業(yè)所得稅年度納稅申報表〉的補充通知》(國稅函[2008]1081號)的“附表三《納稅調(diào)整項目明細表》填報說明”規(guī)定，“工資薪金支出”：第1列“賬載金額”，納稅人按照國家統(tǒng)一會計制度計入成本費用的職工工資、獎金、津貼和補貼填報。第2列“稅收金額”，納稅人按照稅收規(guī)定允許稅前扣除的工資、薪金填報。

計稅扣除

企業(yè)只為少數(shù)職工支付補充養(yǎng)老保險費、補充醫(yī)療保險費，是否在計算應納稅所得額時準予扣除?

根據(jù)《財政部、國家稅務總局關于補充養(yǎng)老保險費補充醫(yī)療保險費有關企業(yè)所得稅政策問題的通知》(財稅[2009]27號)規(guī)定：“自2008年1月1日起，企業(yè)根據(jù)國家有關政策規(guī)定，為在本企業(yè)任職或者受雇的全體員工支付的補充養(yǎng)老保險費、補充醫(yī)療保險費，分別在不超過職工工資總額5%標準內(nèi)的部分，在計算應納稅所得額時準予扣除;超過的部分，不予扣除。”根據(jù)上述規(guī)定，“本企業(yè)任職或者受雇的全體員工”支付的補充養(yǎng)老保險費、補充醫(yī)療保險費，分別在不超過“職工工資總額”5%標準內(nèi)的部分，在計算應納稅所得額時準予扣除。如果不是全體員工都參加補充保險，那么就不能使用職工工資總額作為扣除基數(shù)。

個稅征收

依據(jù)《中華人民共和國個人所得稅法》及財稅字[1997]144號文件規(guī)定：“企業(yè)和個人按照國家或地方政府規(guī)定的比例提取并向指定金融機構實際繳付的住房公積金、醫(yī)療保險金、基本養(yǎng)老保險金不計入個人當月的工資、薪金收入，免征個人所得稅。超過國家或地方政府規(guī)定的比例繳付的住房公積金、醫(yī)療保險金、基本養(yǎng)老金，應將其超過部分計入個人當月的工資、薪金收入，計征個人所得稅。”國稅函[1999]615號批復中也明確：“對職工取得的補充養(yǎng)老保險金應全部計入發(fā)放當月個人的工資、薪金收入，合并計征個人所得稅。”即根據(jù)現(xiàn)行的《個人所得稅法》規(guī)定，基本養(yǎng)老保險醫(yī)療保險可在稅前扣除，但是單位為您繳納的補充養(yǎng)老保險和補充醫(yī)療保險必須在稅后扣除。